Умный фильтр Битрикса не поддерживает фильтрацию по складам (потому как работает только со свойствами элементов). Следовательно, чтобы добавить в возможность фильтровать товар по наличию на складах, нужно добавить соответствующие свойства в карточку элемента. Для этого напишем обработчик в init.php, который при изменении количества товара на складе будет проставлять нужные свойства в карточку элемента.