Перевод скриптов агентов на крон
Если агенты все время деактивируются системой (Битриксом), то можно перевести их выполнение напрямую на крон. Примерный код такого скрипта для забора заказов:
<?
define("NO_KEEP_STATISTIC", true);
define("NOT_CHECK_PERMISSIONS",true);
define('CHK_EVENT', true);
$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] = '/var/www/сайт.ru/htdocs';
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php" ) ;

CModule::IncludeModule('maxyss.ozon');

$lid = 's1'; // ID сайта
global $DB;
$row = $DB->Query("SELECT * FROM b_option WHERE NAME='ORDER_STEP'")->Fetch();
$step = $row['VALUE'];

$res = CMaxyssOzonAgent::OzonLoadOrder($lid,$step);
$result = str_replace("CMaxyssOzonAgent::OzonLoadOrder('".$lid."',", "", $res);
$new_step = str_replace(");", "", $result);

\Bitrix\Main\Config\Option::set(MAXYSS_MODULE_NAME, "ORDER_STEP", trim($new_step));



Пример для выгрузки товаров, остатков, цен:

<?
define("NO_KEEP_STATISTIC", true);
define("NOT_CHECK_PERMISSIONS",true);
define('CHK_EVENT', true);
$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] = '/var/www/сайт.ru/htdocs';
require($_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php" ) ;

CModule::IncludeModule('maxyss.ozon');

$lid = 's1'; // ID сайта
global $DB;
$row = $DB->Query("SELECT * FROM b_option WHERE NAME='PRODUCT_STEP'")->Fetch();
$step = $row['VALUE'];

$res = CMaxyssOzonAgent::OzonUploadProduct($lid,$step);
$result = str_replace("CMaxyssOzonAgent::OzonUploadProduct('".$lid."',", "", $res);
$new_step = str_replace(");", "", $result);

\Bitrix\Main\Config\Option::set(MAXYSS_MODULE_NAME, "PRODUCT_STEP", trim($new_step));

?>

Перед запуском планировщика отключите агентов в настройках модуля.