Как я понял, перекопав документацию ymap api, только objectManager хранит информацию о том кластеризован ли объект в данный момент (при текущем масштабе) или нет.
Небольшой кусок кода из js объекта.
После инициализации карты вызывается метод объекта.
Устанавливает карту в центр по координатам выбранной точки
далее по id точки берет состояние объекта в objectManager