Пример обновления заказа на D7

Сначала получить заказ (\Bitrix\Sale\Order::load($orderId))

Потом изменить поля заказа или связных сущностей
Потом обязательно сохранить.

$order = \Bitrix\Sale\Order::load($orderId);
$order->setField('USER_DESCRIPTION', 'Доставить к подъезду');

// Разрешаем отгрузку
$shipmentCollection = $order->getShipmentCollection();
/** @var \Bitrix\Sale\Shipment $shipment */
foreach ($shipmentCollection as $shipment) {
   if (!$shipment->isSystem()) { // существует системная отгрузка, т.к. товары не могут быть без отгрузки
      $shipment->allowDelivery();
   }
}

// Coхраняем заказ
$result = $order->save();
if (!$result->isSuccess()) {
   //$result->getError();
}