все бы хорошо но практика показала, что указанные функции в onChange="smartFilter.clickSelect(this)" не работают
меняем на smartFilter.click(this)
и, о чудо, все ожило и работает.
Месяц прошел, заказчик увидел что некоторые функции присущие стандартному умному фильтру битрикса отсутствуют, а именно не работает подкрашивание элементов серым цветом выпадающих из пересечений, добавление параметров прописанных в скрытых <input> в стандартном выводе битрикса к <option> в <select> приводит к половинчатому результату, "на лету" элементы неподкрашиваются, а только после нажатия кнопки применить. "Ковыряния" в непрозарочной битриксовой JavaScript не принесли пользы. В некоторых вариантах соотношения настроек свойств инфоблока на вывод в умном фильтре и замененного селекта вообще переставал срабатывать. В результате пришлось перепилить шаблон вывода битрикса на выпадающих <div>, что оказалось менеее трудоемким, чем попытка разобраться в работе хорошо документированного битрикса.